稼働中のデータベースをバックアップするときは、次のコマンドを手動またはプログラムから実行すればよい。
SQL> backup to '/tmp/fo.zip'
参考までに下記ページには、Hibernateからバックアップを実行する方法が書かれています。
H2 Database Online Backup in an Spring, Hibernate ORM Solution with EntityManagers as persistenceUnits
https://groups.google.com/g/h2-database/c/ri3SiqWezkM
もちろん稼働中でないときはデータベースのファイルをコピーするだけでOKです。